On dit souvent que « tout part de l’intestin ». Et si votre bonne humeur aussi y trouvait ses racines ? Depuis quelques années, la science met en lumière un acteur discret mais essentiel : le microbiote intestinal. Au-delà de son rôle majeur dans la digestion et l’immunité, cet écosystème complexe dialogue en permanence avec notre cerveau, influence nos émotions et participe à la régulation de notre stress. Fatigue, anxiété, manque de motivation ou encore troubles du sommeil pourraient ainsi trouver une partie de leur explication dans l’équilibre, ou le déséquilibre, de notre flore intestinale.

Découvrons ensemble comment ce « deuxième cerveau » façonne notre humeur, pourquoi il peut parfois nous jouer des tours, et surtout comment en prendre soin pour cultiver à la fois notre santé intestinale et notre bien-être mental.

Ce qu’il faut retenir

• Un microbiote équilibré soutient l’humeur, le stress et le sommeil.
• La dysbiose peut favoriser anxiété, état dépressif, dépression sévère et fatigue.
• Fibres, aliments fermentés, prébiotiques et probiotiques aident à maintenir l’équilibre intestinal.
• Mode de vie sain : sommeil, activité physique, gestion du stress et hydratation renforcent la flore.

Microbiote et son rôle dans l’humeur

Qu’est-ce que le microbiote intestinal ?

Le microbiote intestinal, ou flore intestinale, désigne l’ensemble des micro-organismes naturellement présents dans notre tube digestif. Cet écosystème se compose principalement de bactéries mais aussi de champignons, de virus et de parasites non pathogènes qui colonisent la paroi intestinale. On en dénombre pas moins de 10¹³ micro-organismes soit plusieurs milliers de milliards, représentant un poids total de 1 à 2 kg, ce qui en fait un organe à part entière (Inserm). Ils vivent en symbiose avec l’organisme et jouent un rôle de barrière protectrice, dans la digestion, le métabolisme et l’immunité.

Cette communauté microbienne se régule en permanence formant un équilibre qui reste toutefois fragile.

L’axe intestin-cerveau : une connexion essentielle

Le microbiote suscite un intérêt croissant ! De plus en plus de travaux sont menés pour mieux comprendre ses différentes fonctions, en particulier le lien entre l’intestin et le cerveau. Aujourd’hui, il est clairement établi qu’un véritable axe existe entre ces deux organes formant un réseau de communication bidirectionnel qui relie le système digestif au système nerveux central. Cet axe passe par plusieurs voies : le nerf vague, le système immunitaire et la production de molécules neuroactives. Pas étonnant que l’intestin soit qualifié de “deuxième cerveau” !

Importance de la santé intestinale pour le bien-être mental

Cet axe intestin-cerveau influence directement notre santé intestinale et notre équilibre émotionnel. Voici comment !

Un microbiote intestinal équilibré donne lieu à la production de neurotransmetteurs, comme la sérotonine, qui régulent l’humeur et le sommeil. Il participe également à la modulation de la réponse au stress et au maintien d’une résilience psychologique optimale.

À l’inverse, un déséquilibre du microbiote peut perturber cette communication intestin-cerveau. Cela fragilise la résistance émotionnelle et augmente le risque de troubles tels que l’anxiété, la dépression ou les sautes d’humeur.

Ainsi, prendre soin de votre flore intestinale n’est pas seulement essentiel pour la digestion, mais aussi pour préserver la santé mentale et le bien-être global.

Rôle du microbiote dans la régulation de l’humeur

Comment le microbiote influence-t-il notre humeur ?

Bactéries et neurotransmetteurs

Certaines bactéries intestinales produisent ou stimulent la production de neurotransmetteurs essentiels au bon fonctionnement cérébral. Par exemple :

• La sérotonine, souvent appelée « hormone du bonheur », dont 90 % est produite dans l’intestin.
• Le GABA, qui aide à réguler l’anxiété et le stress.
• La dopamine est, quant à lui, un neurotransmetteur impliqué dans la motivation et le plaisir.

Pour illustrer, une étude menée sur des personnes atteintes de SII (Syndrome de l’Intestin Irritable) et présentant une détresse émotionnelle a révélé que leur microbiote intestinal diffère de celui des individus sains. Des corrélations ont été observées entre leurs niveaux plasmatiques de neurotransmetteurs (sérotonine et noradrénaline) et la composition de leur flore intestinale. Ces résultats suggèrent que le microbiote participe à la régulation des neurotransmetteurs via l’axe intestin-cerveau. (1)

De ce fait, un microbiote riche et diversifié favorise une production équilibrée de ces molécules, contribuant à la stabilité émotionnelle et à un meilleur contrôle de l’humeur.

Impact sur le système immunitaire

Le microbiote intervient aussi dans nos défenses naturelles. Plus précisément, une flore équilibrée permet de limiter les inflammations chroniques en produisant des molécules anti-inflammatoires.

A contrario, un microbiote appauvri favorise la libération de cytokines (comme IL-6, TNF-α), des petites molécules pro-inflammatoires qui peuvent modifier le fonctionnement des neurotransmetteurs. Cela peut réduire la production de sérotonine ou perturber la dopamine et le GABA, affectant ainsi l’humeur, la motivation et la régulation du stress.

En d’autres termes, plus l’inflammation est élevée, plus le risque de symptômes dépressifs ou anxieux augmente.

Certaines souches, comme Lactobacillus reuteri, se sont notamment révélées efficaces pour diminuer la synthèse de cytokines. (2)

Lien entre déséquilibre microbiotique et troubles de l’humeur

Dysbiose et dépression

La dysbiose intestinale, caractérisée par une altération de la diversité et de la composition du microbiote, est de plus en plus reconnue comme un facteur contributif dans le développement de troubles de l’humeur, notamment la dépression. En effet, des études cliniques ont observé une corrélation entre une perte de diversité bactérienne et la présence de symptômes dépressifs (Institut Pasteur, 3).

Une étude scientifique publiée en août 2025 a révélé que des patients souffrant d’un trouble dépressif majeur (TDM), n’ayant pas reçu de traitement antidépresseur, présentaient des altérations distinctes dans leur microbiote intestinal par rapport aux individus en bonne santé. Ces différences étaient particulièrement marquées par une augmentation des Bifidobacteriaceae et une diminution des Lachnospiraceae. (4)

Symptomatologie des troubles mentaux

Cette perturbation du microbiote se traduit par divers symptômes visibles tels que :

• Fatigue chronique : perturbation de la production de neurotransmetteurs impliqués dans l’énergie.
• Anxiété : altération de la régulation du stress et de l’humeur.
• Perte de motivation : influence sur les circuits cérébraux de la récompense.
• Instabilité émotionnelle : déséquilibre dans la production de neurotransmetteurs clés.

Il est essentiel d’écouter ces signaux pour agir et soutenir la santé de l’intestin et du cerveau.

Dysbiose et santé mentale

Comme vu précédemment, un microbiote déséquilibré affecte la santé mentale en perturbant la production de neurotransmetteurs et induisant une inflammation chronique de bas grade. Mais cela affecte également la barrière intestinale, qui devient perméable, permettant aux toxines bactériennes de passer plus facilement dans la circulation sanguine et d’influencer le système nerveux central. Mais quelles sont les conséquences au niveau de la santé mentale ?

Troubles associés à une dysbiose intestinale

Une flore perturbée peut être associée à divers troubles mentaux :

• Dépression et anxiété : Des études montrent une corrélation entre dysbiose intestinale et symptômes dépressifs ou anxieux. Chez ces patients, on observe moins de bactéries productrices de butyrate anti-inflammatoire (Faecalibacterium, Coprococcus) et plus de genres pro-inflammatoires comme Eggerthella. (5)
• Troubles du sommeil: Un microbiote déséquilibré peut perturber les cycles de sommeil, contribuant à l’insomnie et à la fatigue chronique. (6, 7)
• Troubles cognitifs : La dysbiose peut également être liée à des troubles cognitifs légers, affectant la mémoire et la concentration. (8)

Facteurs perturbant la flore intestinale

Divers facteurs extérieurs perturbent cette harmonie entre les microorganismes comme :

• une alimentation déséquilibrée : un régime riche en sucres raffinés, en graisses saturées et pauvre en fibres peut favoriser la dysbiose. À l’inverse, une alimentation variée, riche en fibres et en aliments fermentés, permet de maintenir l’équilibre de la flore intestinale.
• le stress chronique : un stress prolongé peut altérer la composition du microbiome intestinal, augmentant la perméabilité intestinale et favorisant l’inflammation.
• les médicaments : notamment les antibiotiques ! Bien qu’efficaces contre les infections, ils viennent perturber le microbiote en éliminant indiscriminément les bactéries bénéfiques. D’autres médicaments, tels que les anti-inflammatoires non stéroïdiens (AINS), peuvent également affecter l’équilibre microbien intestinal à long terme.
• le manque de sommeil et la sédentarité : Un sommeil insuffisant et un mode de vie sédentaire ne font souvent pas bon ménage avec le maintien de l’équilibre du microbiote, pouvant alors affecter la santé mentale.

Maintenir un microbiote intestinal équilibré

Vous l’aurez compris, prendre soin de sa flore intestinale est un geste sûr pour votre bien-être mental et garder la bonne humeur. Voici quelques conseils concrets pour soutenir et restaurer un équilibre microbien optimal.

Alimentation et microbiote sain

Comme l’affirmait déjà Hippocrate, père de la médecine occidentale : « Que ton alimentation soit ta première médecine ». Effectivement, la qualité et la diversité de votre régime alimentaire est une clé maîtresse pour votre santé générale mais aussi pour maintenir un microbiome équilibré :

• Favoriser les fibres : Les fruits, légumes, légumineuses et céréales complètes sont riches en fibres. Ces prébiotiques servent de nourriture aux bactéries bénéfiques et stimulent la production d’acides gras à chaîne courte (SCFA) ayant des effets anti-inflammatoires et neuroprotecteurs.
• Inclure des aliments fermentés : Yaourt, kéfir, choucroute, kombucha, miso ou kimchi apportent naturellement des bactéries probiotiques comme Lactobacillus et Bifidobacterium.
• Limiter les sucres et aliments ultra-transformés : Une consommation excessive de sucres raffinés et d’aliments industriels contenant des additifs, des conservateurs, des émulsifiants… favorise les bactéries pathogènes et la dysbiose.
• Varier les sources alimentaires : Plus l’alimentation est variée, plus le microbiote est diversifié. Inclure des légumes de couleurs variées, des céréales complètes, des fruits, des légumineuses et des sources de protéines diversifiées favorise une flore robuste et résiliente.

Probiotiques et prébiotiques : alliés de l’humeur

En plus d’une alimentation équilibrée et variée, le recours à des compléments alimentaires contenant des souches probiotiques peut contribuer à restaurer et soutenir l’équilibre intestinal. Une telle supplémentation aide à renforcer l’axe intestin-cerveau et donc à favoriser le bien-être mental.

Toutefois, il est important de rappeler que toutes les formules ne se valent pas : il ne s’agit pas de choisir une formule « générique », mais bien un mélange de souches ciblées, validées scientifiquement et naturellement présentes dans le système digestif, comme les espèces Lactobacillus rhamnosus, Bifidobacterium breve, Lactobacillus plantarum, Bifidobacterium animalis subsp. lactis...:

Le choix de la formule doit toujours dépendre de vos besoins spécifiques et de l’objectif recherché :

• Soutenir le système digestif : formules favorisant la digestion et le transit.
• Protéger une sensibilité intestinale et maintenir la muqueuse : souches aidant à réduire l’inflammation et à renforcer la barrière intestinale.
• Restaurer la flore après la prise d’antibiotiques : complexes adaptés pour recoloniser rapidement le microbiote.
• Renforcer le système immunitaire : souches capables de stimuler les défenses naturelles et de limiter les déséquilibres microbiens.

En association avec les probiotiques, les prébiotiques aident aussi à maintenir l’équilibre de votre microbiote. Ces fibres spécifiques (comme les fructo-oligosaccharides ou l’inuline) nourrissent les bactéries bénéfiques déjà présentes dans l’intestin. Leur consommation favorise la production de neurotransmetteurs et de métabolites bénéfiques pour le cerveau, renforçant ainsi les effets positifs sur la santé mentale.

Conseils pratiques pour améliorer la santé intestinale

Au-delà de l’alimentation, certaines habitudes sont bonnes à adopter pour votre écosystème microbien : 

• Gérer le stress : Le stress chronique perturbe la composition microbienne et augmente la perméabilité intestinale. Des pratiques comme la méditation, le yoga ou la respiration profonde peuvent aider.
• Pratiquer une activité physique régulière : Le sport favorise la diversité bactérienne et la production de métabolites bénéfiques. Des activités combinant cardio et muscles sont idéales pour chouchouter votre microbiote comme la natation, la marche, le vélo, la randonnée…
• Bien dormir : Un sommeil régulier et suffisant contribue à maintenir un microbiote sain. Installez une routine sommeil : coucher et lever réguliers, limiter les écrans avant le coucher, maintenir une chambre fraîche et sombre….
• Limiter les antibiotiques et médicaments perturbateurs : N’utiliser les antibiotiques que lorsque nécessaire et discuter des effets secondaires potentiels sur le microbiote avec votre médecin.
• Bien s‘hydrater : L’eau favorise le transit intestinal et le bon fonctionnement des bactéries intestinales. Buvez environ 1,5 à 2 litres d’eau par jour, soit 6 à 8 verres.

La recherche sur le microbiote révèle son rôle central dans l’humeur, le stress et le bien-être global. Chaque geste compte : alimentation variée, fibres, aliments fermentés, probiotiques adaptés, sommeil, activité physique et gestion du stress soutiennent votre flore intestinale. Prendre soin de son microbiote aujourd’hui, c’est investir dans une santé mentale et physique durable.

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Sources scientifiques :

• Wen, L., Zhang, W., Wang, Q., Lei, J., Deng, H., Yu, X., & Zhou, J. Associations of neurotransmitters and the gut microbiome with emotional distress in mixed types of irritable bowel syndrome. Scientific Reports, 12, 16625 (2022). https://doi.org/10.1038/s41598-022-05756-0
• Lin YP, Thibodeaux CH, Peña JA, Ferry GD, Versalovic J. Probiotic Lactobacillus reuteri suppress proinflammatory cytokines via c-Jun. Inflamm Bowel Dis. 2008 Aug;14(8):1068-83. doi: 10.1002/ibd.20448
• https://www.pasteur.fr/fr/journal-recherche/actualites/microbiote-intestinal-implique-troubles-depressifs
• https://www.univadis.fr/index.php/viewarticle/d%25C3%25A9pression-majeure-sans-traitement-microbiote-des-2025a1000lyo
• Nikolova VL, Hall M, Hall LJ, et al. Perturbations in Gut Microbiota Composition in Psychiatric Disorders: A Review and Meta-analysis. JAMA psychiatry, 2021; 78(12) : 1343–1354.
• Shi, S., et al. (2025). Investigating bidirectional causal relationships between gut microbiota and insomnia. BMJ General Psychiatry, 38(4), e101855. https://doi.org/10.1136/gpsych-2025-101855
• Neroni B, Evangelisti M, et al. Relationship between sleep disorders and gut dysbiosis: What affects what? Sleep Medicine Reviews. 2021;58:101456. doi:10.1016/j.smrv.2021.101456.
• Dinan, T. G., & Cryan, J. F. (2017). Brain-gut-microbiota axis and mental health. Psychosomatic Medicine, 79(8), 920-926.

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