Publié par : 
Marie Robert 16 minutes
Sommaire de l'article
Notre intestin abrite un monde invisible mais essentiel : le microbiote intestinal. Ces milliards de micro-organismes jouent un rôle clé dans notre digestion, notre immunité et même notre équilibre psychologique. Mais ce fragile écosystème peut se déséquilibrer, notamment après la prise d’antibiotiques. Beaucoup de personnes se demandent : combien de temps faut-il pour retrouver un microbiote équilibré ? Et surtout : comment accélérer ce processus ? La bonne nouvelle, c’est qu’il existe des leviers concrets pour aider son microbiote à se régénérer plus vite.
Anciennement appelé flore intestinale, le microbiote intestinal désigne l’ensemble des micro-organismes, bactéries, virus, champignons (y compris des levures) et même des parasites. Cette population microbienne est logée dans le tube digestif, majoritairement dans le côlon. Elle tapisse les cellules épithéliales représentant plus de 100 000 milliards de micro-organismes soit 1 à 2 kg du poids corporel.
Elle forme un véritable écosystème dynamique qui permet de protéger l’organisme face aux agents pathogènes.
Chaque individu possède un microbiote spécifique parfois comparé à une empreinte digitale (1). Il n’est pas uniforme et sa composition varie selon le mode d’accouchement à la naissance, l’âge, l’alimentation, l’environnement ou encore l’état de santé.
Le microbiote remplit plusieurs fonctions essentielles :
Au niveau physiologique, certaines bactéries intestinales exercent des effets spécifiques. Il permet notamment de produire des métabolites bénéfiques. En effet, les bactéries intestinales fermentent les fibres alimentaires pour produire des acides gras à chaîne courte (AGCC) tels que le butyrate, l’acétate, et le propionate. Le butyrate, par exemple, sert de source d’énergie pour les cellules de la muqueuse intestinale, renforce la barrière intestinale et contribue à limiter l’inflammation chronique. Ces métabolites participent ainsi directement au maintien de la santé digestive. (4)
De même, le microbiote intervient dans la maturation et la régulation des défenses immunitaires. Il apprend au corps à distinguer les antigènes inoffensifs des agents pathogènes, favorisant une tolérance immunitaire aux aliments et aux bactéries bénéfiques tout en activant une réponse adaptée face aux infections.
Enfin, il a aussi un impact métabolique et hormonal.
Le microbiote intestinal ne se limite pas à la digestion : il agit comme un réseau de communication entre l’intestin et le reste de l’organisme.
En résumé, le microbiote constitue un acteur central et intégré de la santé globale, connectant digestion, immunité, métabolisme et fonctions neurologiques.
Le microbiote intestinal vit en symbiose avec l’organisme et repose sur un équilibre aussi essentiel que fragile.
Ce terme est employé lorsque le microbiote intestinal se déséquilibre. Cela signifie que la diversité bactérienne diminue. Certaines souches bénéfiques sont en déperdition laissant la place à des micro-organismes moins favorables prendre le dessus.
Résultats : le microbiote fonctionne au ralenti. L’harmonie se transforme en cacophonie, avec des répercussions possibles sur de nombreuses fonctions de l’organisme.
De multiples facteurs peuvent venir perturber l’équilibre du microbiote.
Voici les principaux :
La dysbiose intestinale peut se manifester par différents troubles digestifs et des symptômes systémiques :
Bien que ces signes puissent orienter vers une dysbiose, ils restent non spécifiques et peuvent nécessiter une évaluation approfondie pour confirmer le diagnostic. En effet, si votre ventre fait des siennes, vous pouvez faire appel à un expert. Un médecin ou un gastro-entérologue pourra passer vos symptômes au crible, examiner votre historique médical et vous proposer un plan thérapeutique adapté.
L’efficacité des antibiotiques n’est plus à prouver ! Même s’ils sont nécessaires pour traiter de nombreuses infections, ils ont un effet secondaire majeur : ils perturbent l’équilibre du microbiote intestinal. En éliminant indiscriminément les bactéries pathogènes et bénéfiques, ils peuvent entraîner une dysbiose.
Après l’administration d’antibiotiques, une diminution de la diversité microbienne est observée, avec une perte de certaines espèces bénéfiques telles que Bifidobacterium et Faecalibacterium prausnitzii (5).
Les antibiotiques à large spectre peuvent également entraîner la sélection de souches résistantes parmi les Enterobacteriaceae, Enterococcus, Clostridium difficile, etc. (6)
Des études récentes indiquent que la diversité microbienne est modifiée dès le lendemain de l’arrêt du traitement et que ces perturbations peuvent se maintenir jusqu’à six mois. (7, 8) L’élimination des bactéries sensibles ouvre la voie à la prolifération de souches résistantes, augmentant ainsi la charge microbienne globale.
En altérant l’équilibre du microbiote, les antibiotiques peuvent perturber la digestion et le fonctionnement de l’intestin provoquant des maux de ventre, des diarrhées, des crampes ou des ballonnements. En effet, la prévalence de la diarrhée associée aux antibiotiques (DAA) est d’environ 5 à 35 % (McFarland, 2008). Dans une étude menée auprès de patients adultes ambulatoires traités par des antibiotiques pendant 5 à 10 jours, l’incidence de la DAA était de 17,5 % (Beaugerie et al., 2003).
Parfois, un déséquilibre de la flore intestinale favorise la prolifération d’agents bactériens pathogènes, qu’ils soient déjà présents ou nouvellement acquis, pouvant provoquer une infection intestinale symptomatique, le plus souvent due à Clostridium difficile.
Un traitement antibiotique peut aussi déséquilibrer d’autres microbiotes comme la flore buccale et/ou vaginale ce qui favorise le développement de levures et déclencher du muguet ou une mycose.
L’exposition aux antibiotiques au cours de la petite enfance est associée à un risque accru d’infections, d’asthme, d’allergies, d’obésité, de maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI) et de troubles du neuro-développement tout au long de la vie.
Ces effets sont largement liés à la capacité des antibiotiques à perturber le microbiome intestinal, ce qui entraîne une augmentation de la perméabilité intestinale et de l’inflammation, une réduction des niveaux d’acides gras à chaîne courte, ainsi qu’une altération du développement des cellules immunitaires. (9, 10)
La diarrhée, principale conséquence d’une antibiothérapie, peut apparaître pendant le traitement et jusqu’à 8 semaines après son arrêt. (11, 12) Le plus souvent, elle disparaît spontanément quelques jours après.
Toutefois, la capacité de récupération du microbiote dépend de plusieurs facteurs : la durée du traitement, le type d’antibiotique, l’âge, l’état de santé général, le régime alimentaire, le mode de vie, les interactions sociales et l’exposition à différentes sources bactériennes. (13)
De ce fait, la durée nécessaire pour retrouver une flore équilibrée varie d’une personne à une autre.
Pour rééquilibrer le microbiome intestinal après un traitement antibiotique, la prise de probiotiques et de prébiotiques présente de nombreux bienfaits. (14)
Les aliments fermentés contiennent des bactéries vivantes, appelées probiotiques, qui peuvent coloniser temporairement l’intestin et produire des métabolites bénéfiques :
Certains compléments alimentaires à base de probiotiques permettent d’apporter des souches spécifiques de bactéries très utiles dans la prévention de la DAA, notamment Lactobacillus rhamnosus GG ou Saccharomyces boulardii. (10).
Afin d’avoir un effet plus large sur la diversité microbienne, il convient de privilégier des formules multi-souches combinant plusieurs espèces telles que :
Rappelons que tous les probiotiques ne se valent pas. Les effets dépendent de la souche, de la dose et de la durée de la prise. Il est préférable de demander l’avis d’un professionnel de santé en cas de fragilité ou maladie chronique.
Une alimentation pauvre en fibres peut accentuer l’effet des antibiotiques sur le microbiote intestinal et ralentir sa récupération. Il est donc fortement recommandé de consommer des fibres prébiotiques pour restaurer un microbiome sain après une antibiothérapie. (16)
Effectivement, ces fibres alimentaires, qui ne sont pas digérées par l’intestin, servent de nourriture aux bonnes bactéries. Elles favorisent leur croissance et leur activité. Alors miser sur les aliments riches en prébiotiques comme :
Ces fibres fermentescibles agissent à différents niveaux (17, 18) :
Pour maximiser la récupération du microbiote, combinez probiotiques et prébiotiques pour un effet synergique :
La science continue de nous étonner ! En effet, un nouveau traitement est apparu pour restaurer la santé intestinale après la prise d’antibiotiques : les transplantations de microbiote fécal (ou greffe fécale). Même si elles sont encore peu connues et répandues, elles donnent des résultats concluants (18).
Cette méthode a pour objectif de transférer le microbiote intestinal d’un donneur sain vers un patient dont la flore intestinale est déséquilibrée, dans le but de restaurer la diversité microbienne, de rétablir l’équilibre du microbiote et de limiter la prolifération de bactéries pathogènes, notamment après un traitement antibiotique prolongé ou en cas d’infections récidivantes comme celles à Clostridium difficile. (19)
Cette solution serait même efficace contre les infections à bactéries multi-résistantes chez des patients immunodéprimés.
Les antibiotiques peuvent perturber votre flore intestinale, mais il est possible de l’aider à se rétablir. Misez sur une alimentation riche en fibres, des aliments fermentés chaque jour, des probiotiques adaptés et une hygiène de vie saine pour retrouver un microbiote sain et équilibré. Et agissez dès le début de la prise des médicaments. N’hésitez pas à demander conseils auprès de votre pharmacien ou de votre médecin.
Sources scientifiques :
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